El gobierno del Salto Social reconoció a las comunidades indígenas colombianas como poblaciones esenciales en la identidad del país y con necesidades y demandas particulares.
En línea con el principio de diversidad y apoyo a las minorías, Samper llevó a cabo distintas acciones para apoyar a los pueblos indígenas. Por ejemplo, reconoció a los resguardos indígenas como municipios y promovió su participación en los ingresos corrientes de la nación.
En obras de infraestructura se llevaron a cabo actividades de saneamiento básico, rehabilitación de vías, apoyo a la producción microempresarial, capacitación organizacional e infraestructura social, campo en el cual se construyeron escuelas y espacios de uso social. Esto benefició a departamentos como Cauca, Tolima, Putumayo, Amazonas, Nariño, Córdoba, Sucre y Magdalena.
También se llevó a cabo un Programa de Apoyo y Fortalecimiento Étnico de los Pueblos Indígenas de Colombia, que fortaleció la salud, la educación, el reconocimiento de las culturas, los derechos étnicos, el desarrollo autónomo y el diálogo intercultural a nivel nacional.
Específicamente, con la comunidad Wayuu se desarrollaron programas sociales como el de pozos profundos para el acceso a agua potable y la creación de bibliotecas públicas y espacios de recreación para las rancherías.
Finalmente, en el ámbito de los Derechos Humanos, el gobierno creó la Comisión de Derechos Humanos y el Programa Especial de Atención para los Pueblos Indígenas, con el objetivo de proteger la vida y la libertad de estas comunidades; prevenir violaciones graves e infracciones al Derecho Internacional Humanitario, y coordinar acciones con organismos internacionales para salvaguardar la integridad de estas poblaciones.
